Consiguiendo así erigirse como campeón de la Primera Amateur de la Liga del Callao, tomando rumbo para retornar al Fútbol Profesional. Los resultados no fueron favorables, siendo eliminado en primera fase. En 1989 participó de la etapa Regional de ascenso a Segunda División pero no pudo superar la primera fase y quedó eliminado. Para eso, se basó en diversos criterios a fin de conformar su Primera División. Un año después pierde la categoría en la Segunda División 1988 y desciende a la Copa Perú. En 1962 entró en una etapa de dificultades económicas que lo llevaron a perder la categoría ese año bajando a jugar en 1963 la Segunda División. Allí empezó con una victoria sobre la Federación Universitaria por 2-1 luego de ir perdiendo el partido. Tras descansar en la segunda fecha llegó al partido final con un punto de ventaja sobre su siguiente rival, Alianza Lima. En el campeonato de 1930 participan 12 clubes, terminó la primera fase como líder de su grupo con tres triunfos sobre el Sporting Tabaco, Lawn Tennis y Sportivo Tarapacá clasificando a la liguilla por el título. Sus mejores actuaciones llegaron en la jornada 10, con un gol y una asistencia y la jornada 11, con tres goles, por las que fue nominada a Mejor Jugadora de ambas jornadas.
En 1988, él y otros tres jugadores (Landáburu, Quique Ramos y Setién) fueron despedidos por el polémico presidente Jesús Gil. Llevaba Uros Racic varios segundos pidiendo el balón a más de 40 metros del área cuando sus compañeros se fijaron en él. El que sí lo hizo fue Thomas, que se ejercitó con sus compañeros como uno más tras haber sido liberado del segundo amistoso de Ghana. Su mayor triunfo es haber sobrevivido. Su primera actividad deportiva fue un 24 de septiembre del año 1902 enfrentando al club chalaco Sport Victoria en cricket logrando un triunfo. El partido se jugó el 7 de diciembre donde logró dar vuelta al gol inicial de Jorge Koochoi para Alianza logrando el triunfo por 2-1 con goles de «Manolo» Puente en la segunda parte. En el campeonato de 1931 participaron 12 clubes y obtiene el título Alianza Lima y en quinto lugar queda el Atlético Chalaco.
Pero es en 1911 que se forma la primera selección conformada por futbolistas de varios clubes. Tras lograr el Subcampeonato clasifica a la Copa Libertadores de 1980 por primera y única vez en su historia hasta el momento. Tras un empate 0-0 en Huancayo ante Deportivo Junín, jugado el 27 de enero de 1980, Atlético Chalaco logra el subcampeonato. Miguel Ángel Gil exigió esta cantidad al Manchester United cuando el club inglés preguntó directamente al Atlético por esta contratación a mediados del mes de mayo. Co. Ciento, 257. CLUB DESRTAS.7000día-r-50%.Tel. Entradas VIP Firmas de autógrafos Partidos a buen precio Partidos amistosos Partidos de pretemporada Presentación de camisetas Solidaridad Futbolera Sorteos Athletic Club Sorteos Atlético de Madrid Sorteos F.C. Entre ellos algunos jugadores del Atlético Chalaco. En 1912 se funda la Liga Peruana de Fútbol y el Atlético Chalaco recibe una invitación para participar en el primer Campeonato de Fútbol sin embargo el club declinó de participar.
La nueva etapa en la vida del Atlético Chalaco se va enrumbando con éstos nuevos dirigentes y consigue campeonar en 1970 en la Primera División de la Liga del Callao. Allí se mantuvo hasta 1965 cuando desciende a la Primera Amateur en la Liga del Callao. Jesús Felipe Martínez y Roberto W. Suárez, alumnos del recién fundado Instituto Chalaco, decidieron formar un club deportivo y para ello, junto a otros jóvenes de dicho instituto, se reunieron en mayo de 1902 en casa del estudiante Héctor Viñas. Con jugadores como Wilfredo Honores, Benjamín Ugaz, Juan Luis Robinson, Teodoro Baluarte, Julio -frejol- Navarro, Nicolás Fuentes, Héctor Torrealba, y Elías Lomparte. Nicolás Fuentes, Enrique Cassaretto, junto a Augusto Prado, Santiago Ojeda, Jesús «cachucho» Neyra, Julio «buyo» Ramírez, Hugo Bustamante Silva, Víctor «pichicho» Benavides, Alberto Párraga, Noé Rojas, Víctor Caceda, Moisés Chumpitaz y Santiago Ronchiz. El equipo estuvo conformado por Rafael León, Claudio Martínez Bodero, Víctor Alcalde, Juan Raffo, Fernando Jordan, Juan «el chino» Leva, Ambrosio Costa, Alfonso Gallardo, Telmo Carbajo, Vicente Mendizabal y Pedro Ureta.